共に海洋学者を父に持つ健一とヘレンは父親と一緒に謎の飛行物体が海に降りるところを目撃する。４人はボートで現場へ向かったが

由于环境严重的污染，使得蝌蚪受到突变而成为黑多拉，并且造成极大的破坏，人类几乎束手无策，而哥吉拉也费尽了极大的心思跟他战